聚焦超声消融也称聚焦超声外科，也是利用HIFU的基本原理，但是焦点处温度能够达到60-100℃，焦点处的组织是立刻发生坏死，就如手术切除一样，所以临床中大多数都是一次性治疗，既可以作为单独手术，也可以作为其它治疗方法的补充。当然，在实际操作中，也可以将功率降低，当热疗使用。

聚焦超声热疗的基础也是HIFU原理，同样在体外发射高能量超声波，在体内聚焦，但是焦点处的温度为40-50℃，这一温度不足以引起组织的即刻损害，所以大多数都是需要多次反复治疗，同时可以作为放疗、化疗的效果的辅助手段。由于热疗＊高温度的限制，所以热疗无法通过提高功率，达到消融效果。